Finalmente, en la temporada 2008/09 el Alavés bajó a Segunda División B tras perder 2-1 contra el Celta de Vigo, camiseta retro osasuna ganar 1-0 contra el Alicante CF y perder 1-0 contra el Albacete. Así es como el equipo comenzó la 86-87, en Tercera, osasuna camisetas división en la que permaneció cuatro años. Se trata de una zona en expansión en la que también se ubica el Palacio de los Juegos Mediterráneos. El Alavés en 2001 era el equipo que más goles ha conseguido en una temporada en la historia de la Copa de la UEFA con 36, además es el primer equipo en jugar una final de la UEFA en el año de su debut. Anteriormente, la U.D. Almería disputaba sus encuentros como local en el Estadio Municipal Juan Rojas, antes llamado Franco Navarro, el cual fue inaugurado en 1976 en un partido amistoso que enfrentó a la Agrupación Deportiva Almería y al Athletic Club ante 16.000 espectadores. El 2 de abril de 2011 Josean Querejeta, presidente del exitoso club de baloncesto local Saski Baskonia, se hizo con el control del club a través de Avelino Fernández de Quincoces, uno de sus hombres de confianza, tras lograr el apoyo político de las instituciones alavesas.
El acuerdo contempla el cambio de nombre del equipo de baloncesto por el de Real Valladolid Baloncesto, el cambio de colores que pasarán a ser blanquivioletas, la integración en la junta directiva del equipo de baloncesto de su director David Espinar. Además, la temporada terminó de la mejor manera posible, ya que los babazorros consiguieron alzarse con el título de campeón, el 16 de junio, tras vencer al CD Tenerife por 2-0 en la ida y perder por 2-1 en la vuelta. En la temporada 1943-44, descendió a Tercera División, y en 1946 logró su primer título nacional: la Copa Federación, venciendo en la final por 3-2 al S.D. El C. D. Izarra estuvo en Tercera la mayor parte de la década del 2000. En 2000-01 consigue quedar en cuarta posición de un grupo navarro-riojano muy competitivo y llega a disputar el play-off de ascenso. Tras finalizar la temporada 1999/00 en 6.ª posición (la mejor de su historia), osasuna camisetas el Alavés consiguió clasificarse para la UEFA por primera vez en su historia. La temporada 2010/11, año del XC Aniversario del club, tras un arranque de liga inmejorable con 8 partidos invicto, el Alavés se proclamó campeón de invierno de su grupo, siendo además el equipo más goleador de toda la Segunda División B, sin embargo, la buena racha se truncó a mitad de la segunda vuelta, clasificándose finalmente en la 3.ª posición.
Tras el ascenso de 1951 a Segunda, el Alavés disputó de nuevo la Primera División en la temporada 1954/55. Este nuevo ascenso supuso la segunda aventura del Alavés en la máxima categoría del fútbol español durante apenas 2 años, en los que quedó en posiciones 10.ª y 14.ª. En 1954 el Alavés volvería a disputar la Copa del Generalísimo, pero caería en octavos frente al Real Madrid C. F.. Tras varios años intentando solucionar el tema de la deuda que el conjunto vitoriano arrastraba desde la salida de Dmitry Piterman del club en el año 2007, a principios de verano del 2015 el club salió del concurso de acreedores poniendo fin a esa etapa «negra» en el seno del club. La temporada 2000/01 dejó al Alavés en 10.ª posición, pero en la temporada siguiente el conjunto vitoriano alcanzó el 7.º puesto, lo que le permitió disputar de nuevo la Copa de la UEFA. La entidad arrastraba graves problemas económicos debidos a la mala gestión de Dmitry Piterman, por lo que el club entró en concurso de acreedores, lo que acarreó una intervención judicial. A consecuencia de su clasificación europea, el Alavés se reforzó con futbolistas como Iván Alonso o Ivan Tomić para disputar la Copa de la UEFA 2000-01. El Gaziantepspor turco fue el primer rival europeo que vio cómo la entidad le brindaba el honor a los socios, vistiendo el equipo con una camiseta con los nombres de los abonados albiazules.
El Alavés jugó en Éibar, ganando el partido, pero la victoria del Getafe en Tenerife provocó que el Alavés no ascendiera. ↑ «Luis Enrique, nuevo entrenador del Celta». ↑ La Estrella Digital, ed. ↑ «El mercado de fichajes, en directo». ↑ «El Almería ya es equipo de Primera y el Castilla vuelve a puestos de descenso». «El belga Roland Duchatelet ya es el nuevo dueño del Alcorcón». El «piebalón» sería una traducción harto servil de la palabra inglesa, bastante fea además, y por añadidura, opuesta a la índole de nuestro idioma, que con toda gentileza se nos manifiesta en otras palabras casticísimas, hermanas mayores del neologismo que me atrevo a proponer, en la esperanza de que deje de serlo muy pronto, para convertirse en una voz tan corriente como estas de rancio y puro linaje: buscapié, hincapié, rodapié, tirapié, traspié, volapié. En junio de 1983, el Alavés bajó a Segunda B, donde se mantuvo hasta la campaña 1985-86, en la que descendió por moroso. Con Juan Arregui Garay como presidente, y tras la disputa durante cinco temporadas consecutivas de los «play off «por el ascenso a la Segunda división, lo logró en Jaén el 21 de junio de 1995, comandado por Jesús Aranguren, pese a perder 3-1. Tres años más tarde, el 3 de mayo de 1998, y tras batir el récord de puntos de la Segunda División española (82) logró el ascenso a la Primera División en Mendizorroza ante el Rayo Vallecano.