El club pasó a jugar sus partidos como local la siguiente temporada en el Estadio serigrafia camisetas valencia Olímpico de Montjuïc. En honor al centenario de la entidad, el club recibe de la Generalidad de Cataluña el Premio Cruz de Sant Jordi, y el 14 de noviembre de 1999, se juega el partido que inauguraba los actos del centenario en el Estadio Olímpico de Montjuïc (renombrado en 2001 como Estadio Olímpico Lluís Companys), en el que el R. C. D. Espanyol derrotó a la Selección Argentina de Fútbol por 2 goles a 0. La remontada patrimonial de la entidad se inicia con la construcción de una Ciudad Deportiva propia en San Adrián de Besós, inaugurada en 2001, y la colocación de la primera piedra del nuevo estadio del club en 2003, situado entre los municipios de Cornellá de Llobregat y El Prat de Llobregat, y financiado por un crédito concedido por cinco entidades financieras por un total de 55 millones de euros. Así, el conjunto valencianista terminaría la temporada en mitad de tabla con una novena posición.
El conjunto perico se impuso por 3 goles a 2 frente al Valencia Club de Fútbol; el defensa valencianista Iván Campo fue el autor del último gol de la historia del estadio. Y en el 2015 en un encuentro otra vez entre los locales y el Valencia C. F., camiseta valencia azul cambiaron el nombre en honor al jugador valencianista Roberto Gil. El cuarto encuentro llegaría el 12 de julio en el mismo escenario neoyorquino, contra el Estrella Roja de Belgrado, quien cortó de raíz la buena marcha de los entonces discípulos de Ricardo Zamora al derrotarlos por un contundente 7-2. El 16 de julio, de nuevo en el Polo Grounds, replicas camisetas futbol la derrota por 5-1 frente al Dukla Praga alejó al conjunto españolista de toda opción de clasificación para la final. En este mismo encuentro Raúl Tamudo logró un hat-trick y alcanzó la cifra de 129 goles con el conjunto españolista. El segundo partido fue ante el AS Mónaco con victoria españolista por tres goles a uno también en Montreal. El primer partido se disputó el 4 de julio en Montreal ante el Concordia canadiense en el Molson Stadium con resultado final de empate a un gol.
Antes de cruzar el charco de vuelta a casa, el equipo viajaría hasta Chicago para disputar un partido amistoso en el estadio Soldier Field, con derrota por 5-4 ante el Rapid de Viena. Peñarol vencía 0:2 al finalizar el primer tiempo, y todo hacía suponer que sería el campeón, sin embargo, en el segundo tiempo, aparecieron tres goles del Manco Castro para el 3:2 final y la inolvidable vuelta olímpica tricolor. En las jugadas de pase intentan llegar hasta el quarterback e impedir que logre lanzar el balón. Deportivamente, durante esta etapa, el equipo se instala en la zona media de la clasificación con la excepción de las temporadas 2002-03 y 2005-06 en las que se roza el descenso y la 2004-05, en la que se acaba a un punto de acceder a la Liga de Campeones de la UEFA, con Miguel Ángel Lotina en el banquillo. Con Santamaría en el banquillo se realizan grandes campañas en la liga española. Con los gerundenses disputó tres campañas. Las últimas décadas de la historia del club se han caracterizado por la irregularidad en la clasificación final de cada liga, con grandes campañas con entrenadores como Javier Clemente, (con quien se llega a la final de la Copa de la UEFA en 1988), y dos descensos a Segunda División en la década de los 90 en un contexto de grave crisis económica, especialmente durante los mandatos de Julio Pardo Padrós y Francisco Perelló, siendo grandes jugadores de la época Tintín Márquez, Ernesto Valverde, Pichi Alonso, John Lauridsen y Thomas N’Kono entre otros.
Esta década es, sin duda, la época con más títulos oficiales de la historia del R. C. D. Espanyol en la que además se contó con jugadores del nivel de Raúl Tamudo, Iván de la Peña, Luis García, (estos tres formaron el trío conocido como «los 3 tiburones») y también Albert Riera, Mauricio Pochettino, Walter Pandiani y Carlos Kameni entre otros. Yo creo que aquí en la carrera militar, entre comillas, porque se vio que muchos oficiales que eran Patria a muerte, que juraban ante la Constitución, etc., etc., de golpe pues, o de un momento a otro viendo esta circunstancia se voltearon como decimos en el albor criollo. Daros las gracias a todos, no solo por la camiseta, sino por el esfuerzo el trabajo para hacer que Valencia sea la mejor ciudad, no solo para correr, sino también para volar», ha concluido su intervención la concejala de Deportes. ¿Dónde personalizar camisetas en Valencia?